調理工程ではいくつかの食中毒菌に関するリスクが存在します。それらのリスクは徹底した温度管理によって防ぐことが可能です。例えば原材料を由来とする汚染や菌の増殖です。食材には必ず細菌が付着しています。
完全な無菌状態にすることはできず、基本的には菌の数を一定量まで抑えることでリスクを低減しています。食材を受け入れるときに温度が高いと細菌が増殖する恐れがあり、その増殖した菌が他の食材を汚染してしまうことも考えられます。そうならないためには低温での輸送や保管が重要です。また不完全な加熱や長時間の冷却が細菌を残すことになってしまったり、増殖させる恐れもあります。
調理の中で加熱は細菌を死滅させて安全に食べられるようにする手段として行われます。基本的に中心部が75度以上になった状態で1分間の加熱が必要と言われています。表面しか測定することができない状態では、温度管理が難しいと思われますが、一度75度になる条件を確認しておけば、あとは時間を測定すれば安心です。加熱したものを冷却するときにも細菌は増殖するので、なるべく短時間で10度以下に下げることが求められます。
最後に配送温度が不適切で最終製品で細菌が増殖してしまうことがあります。せっかく適切な調理を行っても、顧客が食べるまでに不適切な温度管理が行われるようでは意味がありません。発送中のトラックの中でも、高温にさらされないように低温を維持する管理が必要となります。